Siendo la nitrofurantoína una opción de primera línea para el tratamiento de la infección urinaria baja y demostrada también su eficacia como antibiótico profiláctico para la prevención de ITU recurrente, deben considerarse los riesgos potenciales y discutirse con el paciente antes de prescribirlos a corto, mediano o largo plazo. Las tasas de eventuales eventos pulmonares o hepáticos graves reportados son de aproximadamente 0,001% y 0,0003% respectivamente.

En adultos mayores, según la American Geriatrics Society, la nitrofurantoína está catalogada como potencialmente riesgosa  (recomendación fuerte del Panel y una calidad de evidencia catalogada como baja). En una posterior actualización del 2015 se recomienda evitar la nitrofurantoína en pacientes con clearence de creatinina inferior a 30 ml/min. Esta recomendación para evitarla incluyó el riesgo de toxicidad pulmonar, hepatotoxicidad y neuropatía periférica. El daño pulmonar inducido por nitrofurantoína puede ocurrir de manera aguda, subaguda o crónica, presentándose más comúnmente con tos seca y disnea, siendo su mecanismo de toxicidad relacionado con los efectos directos de los metabolitos de nitrofurantoína en el tejido pulmonar. Las reacciones pulmonares agudas aparecen después de una media de nueve días desde el inicio de la terapia con nitrofurantoína, mientras que los síntomas de las reacciones pulmonares subagudas y crónicas se desarrollan entre uno y seis meses de tratamiento, respectivamente. Algunos reportes señalan que el 47% de los casos de enfermedad respiratoria crónica ocurrieron después de más de 12 meses de terapia con nitrofurantoína.